廣東省科學院微生物研究所80年代初開始招收和培養研究生，已有30多年研究生培養經驗。2005年研究所和華南理工大學聯合申報微生物學博士點獲得成功，現有博士生導師6名，碩士生導師32名。目前研究所與中科院華南植物園、中科院廣州化學研究所、上海交通大學、華南理工大學、合肥工業大學、廣東工業大學、暨南大學、華南農業大學、江西農業大學、西南大學、江南大學、陜西科技大學等科研院所和高校聯合培養研究生。已建立起較完善的包括研究生教育的人才培養和引進機制，逐步形成層次分明、結構合理、創新能力較強的人才隊伍，近十年來共培養了碩士研究生124名，博士研究生51名，目前在讀博士和碩士研究生90人。

      2017年5月31日，廣東省教育廳與廣東省科學院簽署戰略合作框架協議，省教育廳將支持省內高校與省科學院各研究所合作，整合雙方的人才、平臺、信息、工程化設施和儀器設備等創新資源，共建研究生聯合培養示范基地。